Een endoscopie is een onderzoek waarbij we een dunne buis of slang (endoscoop) via een natuurlijke opening (bv. de mond) naar binnen brengen en zo verschillende organen van de binnenkant kunnen bekijken. 

Endoscopieën op verschillende plaatsen in het lichaam hebben ieder een eigen naam (enkele voorbeelden):

• Een endoscopie van de dikke darm noem je een coloscopie (of colonoscopie).
• Een endoscopie van de slokdarm, maag en duodenum noem je een gastroscopie.
• Een endoscopie van het sigmoïd (laatste deel van de dikke darm) noem je sigmoïdoscopie. 
• Een endoscopie van de longen noem je bronchoscopie. (longziekten)
• Een endoscopie van de baarmoeder noem je hysteroscopie. (gynaecologie)
• Een endoscopie van de blaas noem je cystoscopie. (urologie)

Er bestaat ook nog zoiets als een echo-endoscopie en een videocapsule-endoscopie.