Systeemziekten zijn ziekten die naast de gewrichten ook verschillende inwendige organen kunnen aantasten zoals longen, huid, nieren en bloed. De ziekteverschijnselen zijn erg uiteenlopend. Systeemziekten zijn, net als ontstekingsreuma, auto-immuunziekten: het afweersysteem zich gaat manifesteren tegen het eigen lichaam. Enkele systeemziekten zijn het syndroom van Sjögren, polymyalgia rheumatica, systemische lupus erythematodus (SLE, LED), antifosfolipid-syndroom, sclerodermie en vasculitiden (ontstekingsziekten van de bloedvaten).